北京南洋肿瘤医院创建于1988年，由中国癌症研究基金会发起创建，经过多年的发展不断壮大。从2002年起北京南洋肿瘤医院与医科院肿瘤医院建立了密切的合作关系，从此进入了新的发展时期。
目前北京南洋肿瘤医院占地9300m2，建筑面积5200m2，业务用房面积5000m2；资金总计750万元，固定资金451万元，流动资金299万元。所有制形式为股份制。
有内科、外科、妇产科、口腔科、肿瘤科、医学检验科、医学影像科、中医科。侧重于肿瘤科，以肿瘤病人的住院治疗为主，治疗方式有放疗、化疗、中西医结合治疗。
北京南洋肿瘤医院病房设置：设有套房2间、单人间16间、干部病房28间、双人间6间、三人间68间，共计120间，可设床位260个。每间病房均配备空调、彩电，部分病房设有卫生间、24小时供应热水、冰箱、微波炉、沙发等生活用品。
北京南洋肿瘤医院人员情况：职工总数为104人，卫技人员80人，其中医师25人（主任医师2人，副主任医师7人、主治医师9名）、药剂人员5人、检验人员5人、护理人员44人（主管护师4人、护师5人、护士32人）、口腔技师1人、财会人员2人、其他人员22人。
北京南洋肿瘤医院设备情况：手术室有麻醉机2台、监护仪2台、高频电刀2台等；麻醉清醒室有呼吸机1台；检验科有全自动生化仪1台、血球分析仪1台、血凝分析仪1台、尿液分析仪1台、钾钠氯分析仪1台、酶标分析仪1台等；心超室有心电图机2台、B超机3台；放射科有300mA的X光机1台、床旁X光机1台；口腔科有牙椅2台等；各临床科室设备齐全。